Sürekli antibiyotik kullananlar gibi, antibakteriyel ürünleri kullanmaya devam ettikçe ellerde bakterilere karşı direnci düşürmesi söz konusudur. Örneğin bu ürünleri ilk kez sürdüğünüzde, tek bir damla jel elinizdeki mikrop ve bakterileri öldürebilirken, kullanıma devam ettikçe ellerdeki bakteriler bu ürüne karşı güçleneceği için daha büyük miktarlarda kullanılması gerekebilecektir. Antibakteriyel sabunlar zararlı bakterileri olduğu kadar
yararlı bakterileri de öldürebilir. Bu da bir sürü soruna neden olabilir. Bu açıdan antibakteriyel ürünlerin yerli yersiz, gereksiz sıklıkta kullanılması, ürünün etkisinin azalmasına yol açabilecektir. Ancak hastane gibi hijyenin çok önemli olduğu ortamlarda kullanılmalı, evde normal sabun kullanmamız yeterlidir.
Ayrıca bu tip ürünlerin içeriğinde hijyeni sağlayan alkol, sonuçta elleri kurutan bir maddedir, ancak bu yan etkiyi önlemek üzere geliştirilen ürünler de var. Ancak halihazırda satılan ürünün, geliştirme aşamasında ve üretiminde kullanılan hammaddelerinde bu konuya özen gösterilmemiş, kalitesiz üretilmiş olanlarının elleri kurutacağı da açıktır.
